Niğde Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 03 Temmuz 1992 tarih ve 3837 sayılı yasa ile kurulmuştur. Fen Edebiyat Fakültesi binası içerisinde hizmet vermektedir.
 
 Enstitümüz 1995-1996 Eğitim-Öğretim Yılı Bahar Yarıyılında yüksek lisans düzeyinde ilk mezunlarını vermiştir. 11 Anabilim dalında yüksek lisans (Fizik, Kimya, Matematik,  Biyoloji, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği , Maden Mühendisliği, Makine Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Fen Bilgisi Eğitimi)  4 Anabilim dalında doktora (Fizik, Kimya, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Makine Mühendisliği) programı bulunmaktadır.